В сентябре климат в Янгикенте можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Янгикенте 15 дождливых, 9 ясных и 6 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Янгикент cчитается местом, некомфортным для посещения.