В сентябре климат в Якутате можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Якутате 25 дождливых и 5 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Якутат cчитается местом, некомфортным для посещения.