В сентябре климат в Вилья-Мерседесе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 19 градусов тепла. В среднем в сентябре в Вилья-Мерседесе 21 ясный, 8 с переменной облачностью и дождливый день. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в марте, апреле, октябре и ноябре Вилья-Мерседес cчитается местом, комфортным для посещения.