В сентябре климат в Усть-Алтан можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Алтан 12 дождливых, 10 с переменной облачностью, 7 ясных и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно умеренные.