В сентябре климат в Тунгозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Тунгозере 14 пасмурных, 12 дождливых, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, мае и июне Тунгозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.