В сентябре климат в Щекоцинах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 17 градусов тепла. В среднем в сентябре в Щекоцинах 12 дней с переменной облачностью, 9 ясных, 7 дождливых и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.