В сентябре климат в Сонозеро можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сонозеро 18 дождливых, 9 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Сонозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.