В сентябре климат в Скопье можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 22 градуса тепла. В среднем в сентябре в Скопье 18 ясных, 6 дождливых и 6 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.