В сентябре климат в Сегеже можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сегеже 15 дождливых, 9 пасмурных, 4 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в апреле и октябре Сегежа cчитается местом, некомфортным для посещения.