В июне климат в Себеже можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 19 градусов тепла. В среднем в июне в Себеже 15 дождливых, 8 ясных и 7 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.