В сентябре климат в Сан-Сальвадоре можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Сальвадоре 29 дождливых и 1 ясный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Сан-Сальвадор cчитается местом, некомфортным для посещения.