В сентябре климат в Сан-Хуан-де-лос-Моррос можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 26 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан-Хуан-де-лос-Моррос 27 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Сан-Хуан-де-лос-Моррос cчитается местом, некомфортным для посещения.