В июне климат в Сан-Хуан-де-ла-Магуана можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 24 градуса тепла. В среднем в июне в Сан-Хуан-де-ла-Магуана 26 дождливых, 2 ясных и 2 пасмурных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Сан-Хуан-де-ла-Магуана cчитается местом, некомфортным для посещения.