В июне климат в Сан Исидро де Эль Дженерал можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Сан Исидро де Эль Дженерал 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Сан Исидро де Эль Дженерал cчитается местом, некомфортным для посещения.