В сентябре климат в Нюкёбинг-Морсе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Нюкёбинг-Морсе 19 дождливых, 7 ясных, 3 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, октябре и ноябре Нюкёбинг-Морс cчитается местом, некомфортным для посещения.