В июне климат в Новом Карачае можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 19 градусов тепла. В среднем в июне в Новом Карачае 17 дождливых и 13 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в феврале, марте и мае Новый Карачай cчитается местом, некомфортным для посещения.