В сентябре климат в Новоаганске можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Новоаганске 16 дождливых, 13 пасмурных и 1 ясный день. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Новоаганск cчитается местом, некомфортным для посещения.