В сентябре климат в Нерюктяйинске 2-ом можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 8 градусов тепла. В среднем в сентябре в Нерюктяйинске 2-ом 14 дождливых, 12 пасмурных и 4 ясных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Нерюктяйинск 2-й cчитается местом, некомфортным для посещения.