В июне климат в Набунтуране можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 28 градусов тепла. В среднем в июне в Набунтуране 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Набунтуран cчитается местом, некомфортным для посещения.