В апреле климат в Мегрозере можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в апреле 6 градусов тепла. В среднем в апреле в Мегрозере 16 дождливых, 10 пасмурных, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В апреле, а также в сентябре, октябре и ноябре Мегрозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.