В мае климат в Малакале можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в мае 31 градус тепла. В среднем в мае в Малакале 15 дождливых, 12 пасмурных, 3 ясных и 1 день с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные. В мае, а также в июне, июле, августе и сентябре Малакаль cчитается местом, некомфортным для посещения.