В сентябре климат в Магашлах-Алмантаеве можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Магашлах-Алмантаеве 12 дождливых, 9 с переменной облачностью, 5 ясных и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, октябре и декабре Магашлы-Алмантаево cчитается местом, некомфортным для посещения.