В сентябре климат в Кызыл-Урупе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 20 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кызыл-Урупе 19 ясных, 6 дождливых и 5 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в августе Кызыл-Уруп cчитается местом, комфортным для посещения.