В июне климат в Кызыл-Урупе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 20 градусов тепла. В среднем в июне в Кызыл-Урупе 17 дождливых и 13 ясных дней. Дожди преимущественно сильные.