В сентябре климат в Холмогорской можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Холмогорской 13 дождливых, 13 пасмурных, 2 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Холмогорская cчитается местом, некомфортным для посещения.