В сентябре климат в Джубе можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 28 градусов тепла. В среднем в сентябре в Джубе 25 дождливых и 5 ясных дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в мае, июне, июле и августе Джуба cчитается местом, некомфортным для посещения.