В сентябре климат во Флагстаффе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 21 градус тепла. В среднем в сентябре во Флагстаффе 21 ясный, 6 дождливых и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные.