В сентябре климат в Энгозере можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 11 градусов тепла. В среднем в сентябре в Энгозере 12 пасмурных, 11 дождливых, 4 ясных и 3 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, апреле, мае и августе Энгозеро cчитается местом, некомфортным для посещения.