В сентябре климат в Бабаойо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в сентябре 29 градусов тепла. В среднем в сентябре в Бабаойо 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Бабаойо cчитается местом, некомфортным для посещения.