В феврале климат в Йонагуни можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в феврале 20 градусов тепла. В среднем в феврале в Йонагуни 26 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В феврале, а также в январе, марте, мае и июне Йонагуни cчитается местом, некомфортным для посещения.