В сентябре климат в Усть-Ваеньге можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Усть-Ваеньге 14 дождливых, 8 с переменной облачностью, 6 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, апреле и мае Усть-Ваеньга cчитается местом, некомфортным для посещения.