Июнь в Томбукту — самый жаркий месяц в году. В июне климат в Томбукту можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 41 градус тепла. В среднем в июне в Томбукту 24 ясных и 6 дней с переменной облачностью. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Томбукту cчитается местом, некомфортным для посещения.