В сентябре климат в Себеже можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Себеже 9 дождливых, 9 пасмурных, 6 ясных и 6 дней с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые.