В сентябре климат в Сан Карлосе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 27 градусов тепла. В среднем в сентябре в Сан Карлосе 26 дождливых и 4 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Сан Карлос cчитается местом, некомфортным для посещения.