В сентябре климат в Самагалтае можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 10 градусов тепла. В среднем в сентябре в Самагалтае 13 дней с переменной облачностью, 12 ясных и 5 дождливых дней. Дожди преимущественно слабые.