Сентябрь в Какортоке — самый дождливый месяц в году. В сентябре климат в Какортоке можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 7 градусов тепла. В среднем в сентябре в Какортоке 11 дождливых, 11 ясных, 7 с переменной облачностью и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в апреле, мае, июне и июле Какорток cчитается местом, некомфортным для посещения.