В сентябре климат в Пуэрто-Мадрине можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 15 градусов тепла. В среднем в сентябре в Пуэрто-Мадрине 17 ясных, 11 с переменной облачностью и 2 пасмурных дня.