В июне климат в Пуэрто-Аякучо можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 25 градусов тепла. В среднем в июне в Пуэрто-Аякучо 30 дождливых дней. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Пуэрто-Аякучо cчитается местом, некомфортным для посещения.