В сентябре климат в Нагайбакском можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 16 градусов тепла. В среднем в сентябре в Нагайбакском 9 дождливых, 9 ясных, 8 с переменной облачностью и 4 пасмурных дня. Дожди преимущественно слабые.