В июне климат в Манакара можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 23 градуса тепла. В среднем в июне в Манакара 16 ясных, 12 дождливых и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно сильные.