В сентябре климат в Магдагачах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 13 градусов тепла. В среднем в сентябре в Магдагачах 12 дней с переменной облачностью, 9 ясных, 6 дождливых и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.