В июне климат в Лабуан-Баджо можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 27 градусов тепла. В среднем в июне в Лабуан-Баджо 16 дней с переменной облачностью, 11 ясных, 2 дождливых и 1 пасмурный день. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в августе Лабуан-Баджо cчитается местом, комфортным для посещения.