В сентябре климат в Кууджуарапике можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 9 градусов тепла. В среднем в сентябре в Кууджуарапике 20 дождливых, 7 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и августе Кууджуарапик cчитается местом, некомфортным для посещения.