В сентябре климат в Хантайском Озере можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в сентябре 4 градуса тепла. В среднем в сентябре в Хантайском Озере 15 дождливых, 5 ясных, 4 с переменной облачностью, 3 со снегом и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и мае Хантайское Озеро cчитается местом, некомфортным для посещения.