В сентябре климат в Каргополе можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 12 градусов тепла. В среднем в сентябре в Каргополе 18 дождливых, 10 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно слабые. В сентябре, а также в январе, апреле и октябре Каргополь cчитается местом, некомфортным для посещения.