В сентябре климат в Глубока над Влтавой можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 18 градусов тепла. В среднем в сентябре в Глубока над Влтавой 11 дождливых, 9 с переменной облачностью, 7 ясных и 3 пасмурных дня. Дожди преимущественно умеренные.