В сентябре климат в Эннискиллене можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 14 градусов тепла. В среднем в сентябре в Эннискиллене 23 дождливых, 5 пасмурных и 2 ясных дня. Дожди преимущественно умеренные. В сентябре, а также в январе, феврале, марте и апреле Эннискиллен cчитается местом, некомфортным для посещения.