В июне климат в Эль-Нидо можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Эль-Нидо 27 дождливых и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в мае, июле, августе и сентябре Эль-Нидо cчитается местом, некомфортным для посещения.