Июнь в Чолпон-Ате — самый дождливый месяц в году. В июне климат в Чолпон-Ате можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в июне 10 градусов тепла. В среднем в июне в Чолпон-Ате 23 дождливых, 4 пасмурных и 3 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в апреле и мае Чолпон-Ата cчитается местом, некомфортным для посещения.