В июне климат в Себу можно охарактеризовать как жаркий. Средняя температура днём в июне 29 градусов тепла. В среднем в июне в Себу 28 дождливых и 2 ясных дня. Дожди преимущественно сильные. В июне, а также в январе, феврале, марте и мае Себу cчитается местом, некомфортным для посещения.